Na década de noventa as rebeliões nos presídios de São Paulo, assim como na antiga FEBEM, eram muito recorrentes. Não havia semana em que não se registrasse pelo menos um motim, alguns com grandes prejuízos materiais e outros também resultando em mortes e feridos com gravidade. Até, em estabelecimentos prisionais femininos a violência era uma constante. Via de regra, os maus tratos impostos aos presos, sob as vistas grossas das autoridades, eram a causa principal daquelas ocorrências. No dia 18 de janeiro de 1992, na zona leste de São Paulo, o protesto foi de detentas que aguardavam julgamento:
Naquele mesmo ano, 1992, em outubro, em virtude da precariedade do sistema prisional brasileiro, estourou a mais grave das rebeliões. Foi no Pavilhão 9 da Casa de Detenção, no bairro do Carandirú. Em decorrência dos acontecimentos, 111 presos foram mortos, uma tarja negra que nos envergonha para sempre.